Samedi, nous avons rapporté que la Dre Li-Meng Yan – une virologiste chinoise (MD, PhD) qui a fui le pays, quittant son travail dans une prestigieuse université de Hong Kong – est apparue la semaine dernière à la télévision britannique où elle a affirmé que le SARS-CoV-2, le virus qui cause la maladie “COVID-19”, a été créé par des scientifiques chinois dans un laboratoire.

Dimanche, Li-Meng a rejoint Twitter – et lundi, il y a quelques heures à peine, elle a tweeté un lien vers un article qu’elle a co-écrit avec trois autres scientifiques chinois et qui s’intitule :

Caractéristiques inhabituelles du génome du SARS-CoV-2 suggérant une modification sophistiquée en laboratoire plutôt qu’une évolution naturelle et une délimitation de sa voie de synthèse probable.

https://t.co/g9uPdcRIew

— Dr. Li-Meng YAN (@LiMengYAN119) September 14, 2020

Elle a également affiché un lien vers ses références sur ResearchGate, révélant son affiliation (antérieure ?) à l’Université de Hong Kong et 13 publications qui ont été citées 557 fois.

https://t.co/u6SbFcR3IS

— Dr. Li-Meng YAN (@LiMengYAN119) September 14, 2020

Sans perdre une minute :

“Les preuves montrent que le SARS-CoV-2 devrait être un produit de laboratoire créé en utilisant les coronavirus de chauve-souris ZC45 et/ou ZXC21 comme modèle et/ou épine dorsale. Sur la base de ces preuves, nous postulons en outre une voie synthétique pour le SARS-CoV-2, démontrant que la création en laboratoire de ce coronavirus est pratique et peut être réalisée en six mois environ.”

Voici la phrase clé :

Le motif de liaison au récepteur du spicule du SARS-CoV-2 ne peut pas être issu de la nature et aurait dû être créé par génie génétique.

Les protéines S (pour spicule) décorent l’extérieur des particules de coronavirus. Elles jouent un rôle important dans l’infection car elles servent de médiateur dans l’interaction avec les récepteurs des cellules hôtes et aident ainsi à déterminer la gamme d’hôtes et le tropisme tissulaire du virus. La protéine S est divisée en deux moitiés (graphique 3). La moitié avant ou N-terminale est appelée S1, qui est entièrement responsable de la liaison avec le récepteur de l’hôte. Dans les deux infections par le SARS-CoV et le SARS-CoV-2, le récepteur de la cellule hôte est le hACE2. Au sein de S1, un segment d’environ 70 acides aminés entre en contact direct avec le hACE2 et est appelé en conséquence le récepteur de liaison (RBM) (graphique 3C). Dans le cas du SARS-CoV et du SARS-CoV-2, le RBM détermine entièrement l’interaction avec le hACE2. La moitié C-terminale de la protéine Spike est appelée S2. La fonction principale de S2 est de maintenir la formation de trimère et, lors des clivages successifs de la protéase à la jonction S1/S2 et à une position S2′ en aval, de favoriser la fusion de la membrane pour permettre l’entrée cellulaire du virus.

Comme ce qui est observé pour d’autres protéines virales, le S2 du SARS-CoV-2 partage une identité de séquence élevée (95%) avec le S2 de ZC45/ZXC21. En revanche, entre le SARS-CoV-2 et ZC45/ZXC21, la protéine S1, qui dicte l’hôte (humain ou chauve-souris) que le virus peut infecter, est beaucoup moins conservée, l’identité de séquence des acides aminés n’étant que de 69%.

Le graphique 4 montre l’alignement de la séquence des protéines de spicule de six coronavirus Beta. Deux sont des virus isolés de la pandémie actuelle (Wuhan-Hu-1, 2019-nCoV_USA-AZ1) ; deux sont les virus modèles suspectés (Bat_CoV_ZC45, Bat_CoV_ZXC21) ; deux sont des coronavirus du SARS (SARS_GZ02, SARS). Le RBM est mis en évidence entre deux lignes orange. Il est clair que, malgré l’identité de séquence élevée pour l’ensemble des génomes, le RBM du SARS-CoV-2 diffère sensiblement de ceux du ZC45 et du ZXC21. Il est intrigant de constater que le RBM du CoV-2 ressemble beaucoup à celui du spicule du SARS. Bien qu’il ne s’agisse pas d’un “copier-coller” exact, un examen attentif des structures du spicule-hACE237,38 révèle que tous les résidus essentiels à la liaison du hACE2 ou au pliage des protéines (bâtonnets orange dans le graphique 3C et ce qui est mis en évidence par des lignes courtes rouges dans le graphique 4) sont “conservés”.

La plupart de ces résidus essentiels sont précisément préservés, y compris ceux impliqués dans la formation des liaisons disulfure (C467, C474) et les interactions électrostatiques (R444, E452, R453, D454), qui sont essentielles pour l’intégrité structurelle du RBM (graphiques 3C et 4). Les quelques changements au sein du groupe de résidus essentiels sont presque exclusivement des “substitutions” hydrophobes (I428àL, L443àF, F460àY, L472àF, Y484àQ), qui ne devraient pas affecter le repliement des protéines ni l’interaction hACE2. Dans le même temps, la majorité des résidus d’acides aminés non essentiels ont “muté” (graphique 4, résidus RBM non marqués par de courtes lignes rouges). À en juger par cette seule analyse de séquence, nous avons été convaincus très tôt que non seulement la protéine de spicule du SARS-CoV-2 se lierait à l’hACE2, mais aussi que la liaison ressemblerait précisément à celle entre la protéine de spicule du SARS originale et l’hACE223. Des travaux structurels récents ont confirmé notre prévision.

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Aubedigitale.com

Le document entier est téléchargeable ici en anglais.

Nos remerciements à Victoria Valentini