Selon le Conseil fédéral, dans une réponse à une question d'Yvan Perrin, les membres de la Commission Bergier ont omis de consulter les archives locales pour ne s'en tenir qu'à des « documents conservés aux Archives fédérales », donnant ainsi une image biaisée d'une réalité présentée alors comme pratiquement exhaustive.

Le Conseil fédéral tente de se dédouaner en affirmant qu'il avait rappelé, a u moment de la publication du rapport, « qu'il appartenait désormais aux citoyens et aux milieux scientifiques de forger leur opinion, de discuter ou compléter ces résultats ». Il l'a fait en effet, lors de sa déclaration du 10 décembre 1999, dans laquelle il disait aussi que: « Le rapport de la Commission indépendante d´experts (CIE) représente une contribution fondamentale à une meilleure connaissance de la politique d´asile suisse au temps du national-socialisme [...] Le rapport nous rappelle que la Suisse, en cette sombre période de l´histoire de l´humanité, n´a pas répondu autant qu´elle aurait pu et dû le faire à sa tradition humanitaire. Le Conseil fédéral en a pleine conscience. C´est pourquoi il tient à rappeler les excuses prononcées en son nom en 1995 par le Président de la Confédération. Ces excuses conservent toute leur pertinence à la lumière du présent rapport. Rien ne peut réparer les conséquences des décisions prises alors et nous nous inclinons respectueusement devant la douleur de ceux qui, s´étant vu refuser l´accès à notre territoire, ont été abandonnés à d´indicibles souffrances, à la déportation, à la mort. Notre politique de l'époque a aussi été marquée par des erreurs, des omissions et compromissions ».

La politique actuelle du Conseil fédéral connaît aussi quelques omissions, entre autres celle de consulter l'histoire...

Réponse du Conseil fédéral du 11 mars 2013 à une question du CN Yvan Perrin (UDC/NE) :

« Lors de la publication du rapport final de la commission Bergier, en 2002, le Conseil fédéral a rappelé qu'il appartenait désormais aux citoyens et aux milieux scientifiques de forger leur opinion, de discuter ou compléter ces résultats. Dans ce sens, il salue les recherches menées par Monsieur Serge Klarsfeld, comme par d'autres chercheurs, sur le nombre de personnes refoulées à la frontière suisse.

Dans son rapport final, la commission Bergier s'est basée sur des chiffres publiés par les Archives fédérales et sur des documents conservés aux Archives fédérales. Selon la commission, un peu plus de 20 000 personnes, juives et non juives, ont été refoulées de 1939 à 1945. De son côté, Monsieur Klarsfeld collabore avec une historienne genevoise qui dépouille des archives locales et se concentre sur certaines périodes et certaines régions frontalières. Leurs travaux portent uniquement sur des réfugiés juifs. Les résultats définitifs de leurs travaux n'ont pas encore été publiés.

Les archives en Suisse et dans les pays voisins qui permettent de documenter les refoulements de réfugiés à la frontière suisse durant la Seconde guerre mondiale sont accessibles à tout chercheur. En particulier, le Conseil fédéral a décidé en 2004 que le matériel scientifique collecté par la commission serait immédiatement accessible. Ce matériel est conservé aux Archives fédérales.

Dans ce contexte, le Conseil fédéral n'estime pas nécessaire de commander une nouvelle recherche historique sur l'un ou l'autre des thèmes traités par la commission Bergier; il salue tous les travaux scientifiques qui, basés sur une analyse historique rigoureuse, contribueront à établir la connaissance la plus complète de cette période de l'histoire de notre pays. Enfin, si des besoins accrus de recherche devaient se faire sentir, des demandes de soutien à des projets scientifiques peuvent en tout temps être déposées à travers les canaux de financement existants, en particulier ceux du Fonds national suisse de la recherche scientifique » Source.

Voir aussi Serge Klarsfled: « La commission Bergier n’a pas travaillé »